旷工一天扣三天薪资不合法。旷工当天，用人单位可以不支付薪资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣薪资的。劳动者旷工的，用人单位可以就劳动者旷工行为作出处罚，但并不包括扣三天的薪资，单位扣三天薪资的行为属于克扣薪资行为，违反劳动合同法。
控制旷工的方法有：
1、纪律处分
许多雇主对旷工者给予纪律处分。第一次故意旷工者将受到口头警告，随后的故意旷工将受到书面警告、暂时停职和最终解雇等处罚。
2、正面强化
正面强化举措包括给予符合出勤标准的雇员以现金、表彰、假期或其他等方法的奖励。对出勤良好者予以某些表彰，给予缺勤少于特定天数的员工一定的奖励，“买回”没有用完的病假等，都是减少旷工的正面强化举措。
3、综合方法
综合方法就是一方面奖励良好表现，另一方面惩罚不良表现，它是一种较为理想的方法。有些企业设计或采用了一种病假库的方法，这种方法颇为有效。其做法是，企业为每个员工设置一个照付薪资但有天数限制的病假库。当库存变空时，除非该雇员得了那些属于长期性残疾保险覆盖范围的重病，否则他就会因继续缺勤而失去部分薪资。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第五十条薪资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的薪资。
《薪资支付暂行规章》第十六条规章，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的薪资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月薪资的20%。若扣除后的剩余薪资部分低于当地月最低薪资标准，则按最低薪资标准支付。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容