个人所得税专项附加扣除不是扣工资，是指扣除工资内的缴税基数。应纳税所得额等于月度收入减去5000元（起征点）减专项扣除（三险一金等）减专项附加扣除减依法确定的其他扣除。
法律依据：《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第二条本办法所称个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。
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