占用耕地处理方式如下：
1、养殖场用地，一般不占用耕地，如果占用了，就要区分养殖场占用耕地类型，耕地分为一般耕地和永久基本农田。
2、养殖场占用一般耕地建设处理方式：按照规定一般设施农业经营者与农村集体经济组织就用地事宜协商一致后即可动工建设，应及时办理设施农用地手续，到所在乡镇进行备案。如果已经建成，未获得备案手续，那么应及时补充办理手续。
3、养殖场占用永久基本农田处理方式：设施养殖经论证后确实难以必然永久基本农田的，可以占用永久进本农田，但在建设前应编制补充划定永久基本农田方案，对所占的永久基本农田进行补划。对已经建设完成，也未进行补划永久基本农田养殖设施项目，属违法用地，应依法予以查处。
因此，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，依据规定，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》
第三十三条
国家实行永久基本农田保护制度。下列耕地应当根据土地利用总体规划划为永久基本农田，实行严格保护：
(一)经国务院农业农村主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油、糖等重要农产品生产基地内的耕地;
(二)有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田和已建成的高标准农田;
(三)蔬菜生产基地;
(四)农业科研、教学试验田;
(五)国务院规定应当划为永久基本农田的其他耕地。
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