医保卡当年余额和历年余额的区别是：当年余额是指在当年一年中，医保卡个人账户所剩的余额；历年余额是指通过历年缴费累计，医保卡个人账户所剩的余额。
《中华人民共和国社会保险法》第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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