法律分析：第一种方式：工资还是按照正常申报，但是同时申报与工资扣除"五险一金"个人部分后相同金额的免税金额，实际上申报的金额就只有 "五险一金"个人承担部分为应税工资。
第二种方式：产假工资还是正常预扣个人所得税并申报，待到扣除产假工资后，在后续的工资个税预扣中也扣除生育津贴的免税额。
第三种方式：产假期间工资，只申报"五险一金"个人承担部分为应税工资，其余部分不予申报，因为生育津贴本身就不是工资薪金。等到后期，生育津贴从社保局领回来后，员工与公司结算，如果公司还需要补充一部分的，补充部分也可以按照生育津贴算，而免个税。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第五十三条 职工应当参加生育保险，由用人单位按照国家规定缴纳生育保险费，职工不缴纳生育保险费。
第五十五条 生育医疗费用包括下列各项：
（一）生育的医疗费用；
（二）计划生育的医疗费用；
（三）法律、法规规定的其他项目费用。
第五十六条 职工有下列情形之一的，可以按照国家规定享受生育津贴：
（一）女职工生育享受产假；
（二）享受计划生育手术休假；
（三）法律、法规规定的其他情形。
生育津贴按照职工所在用人单位上年度职工月平均工资计发。
《关于生育津贴和生育医疗费有关个人所得税政策的通知》 生育妇女按照县级以上人民政府根据国家有关规定制定的生育保险办法，取得的生育津贴、生育医疗费或其他属于生育保险性质的津贴、补贴，免征个人所得税。
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