门源回族自治县位于中国青海省东北部，总面积6896平方千米，属海北藏族自治州管辖，在海北藏族自治州东部，东北与河西走廊中部的甘肃省天祝、肃南、山丹县接壤，南接青海省大通、互助县，西与本州祁连、海晏县毗邻。北纬:37.5°~38°，东经:102° ~102.5°。
门源回族自治县境内山地面积占83.1%，盆地面积16.9%，海拔高度在2388-5254米之间。北倚祁连山，南临巍峨起伏的达坂山，地势西北高，东南低，南北高，中间低，构成气候湿润、水量充足的门源盆地。地形复杂，平均海拔2866米，山、台、丘、沟、谷、川、滩兼有。地处祁连山系东端，地形复杂，高差悬殊。北部祁连山麓群峰耸立，南部达板山高拔陡峻，大通河谷地较平坦。
门源回族自治县属高原大陆性气候，地处中纬度西风带区。具有典型的日照时间长、太阳辐射强、昼夜温差大等高原寒温湿润性气候特征。冬半年受来自西伯利亚干冷气候影响，气候比较寒冷干燥。夏半年受孟加拉湾的西南暖湿气流影响，气候凉爽湿润。具有春季多雪多风，夏季凉爽多雨，秋季温和暂短，冬季寒冷漫长的特点。全年日照时数2264.8--2739.8小时，年太阳辐射130.68--154.0千卡/平方厘米，气温日较差11.6--17.5℃，年平均气温0.8℃，年平均降水520毫米，年蒸发量100毫米。
门源回族自治县境内野生动物有40余种，受国家保护的珍稀动物有雪豹、麝、猞猁等;有国家保护的珍贵动物青鹿、马鹿、水獭、天鹅、雪鸡、兰马鸡等10余种。野生药用植物有虫草、黄芪、大黄、秦艽、雪莲等62种此外。
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