每100克甲鱼肉中约含水分80克，能量318.2千焦，蛋白质16.5克，脂肪0.1克，碳水化合物1.6克，钙107毫克，磷135毫克，铁1.4毫克，维生素B1高达0.62毫克，维生素B2高达0.37毫克，尼克酸3.7毫克。另含动物胶、角蛋白、维生素D和磺等特殊成分。每100克中华鳖肉中胆固醇含量为95毫克。
甲鱼性平凉，味甘咸，入肝、脾、肺三经，有滋阴、除热、散结、消痞、益肾、健骨等功效。能散淤血，通月经，消脾肿，除痨热。适用于阴虚、骨蒸、久疟、久痢、脱肛、子宫下垂、崩漏带下、月经闭止、肝脾肿大及肝炎合并性贫血和血清球蛋白缺失等病人食用。
甲鱼的甲板是一种胶质药，能消除体表硬块、镇静神经，通血脉、破淤滞，对肝脾肿大、月经闭止有疗效，且能抑制结缔组织增生和提高血浆蛋白的功用。
甲鱼血则主要用于退热滋阴，适用于肺结核有低热的患者。
甲鱼头可治小儿脱肛和妇女子宫脱垂等症。
因甲鱼的主要功能是滋阴，所以久病体虚、阳虚怕冷、胃肠功能虚弱、消化不良或食欲不振者应慎吃。另外，非肝脾肿大及肝炎合并性贫血的肝病患者、慢性肾炎患者、肾功能不全的病人亦不宜吃甲鱼，以免引起肝昏迷。
据古书记载，吃甲鱼时要忌与鸡蛋、兔、猪、鸡、鸭肉以及苋菜同吃，否则非但无益，反而有害。吃甲鱼还要活宰放血，不能吃已死去的甲鱼，否则易引起组胺中毒。
甲鱼喜食动物尸体等腐烂食物，它的胃肠里也常有致病菌和有毒杂物。一旦死后，这些病菌便大量繁殖。另外，甲鱼体内还含有较多的组胺酸。组氨酸在胺氧化酶的作用下，极易分解成组胺，特别是甲鱼死后，组氨酸分解更为迅速。它死的时间越长，体内积累的组胺越多。组胺是一种有毒物质，当它在人体内积蓄到一定数量时，就会引起食物中毒。所以，不能吃死甲鱼。