加里曼丹岛被赤道穿过,因此该岛气候为热带雨林气候,河流非常多,很多大河都发源于依兰山脉。其中,最长的河流要属卡普阿斯河,这条河从东向西,一直汇入南海,总长达到了1143公里,是印度尼西亚最长的河流,而且还是世界上最长的岛中河流。
加里曼丹岛第二长的河流是巴里托河,总长为980公里,往东流入了望加锡海峡,水量可以达到2500立方米/秒。岛上的第三长河是巴里托河,长约890公里,南边就是爪哇海,水量能够达到6000立方米/秒。