大豆制品对男性生殖系统，尤其是精子的生成有不利影响。大豆及其制品中含有丰富的异黄酮类植物雌激素，若摄入过多，自然会影响到男性体内雄性激素的水平，从而导致一系列不良后果。
导致肾功能衰退正常情况下，人吃进体内的植物蛋白质经过代谢变化，大部分成为含氮废物，由肾脏排出体外，男性到了老年时期，肾脏排泄废物的能力下降，大量吃豆腐，摄入了过多植物性蛋白质，导致体内生成的含氮废物增多，加重肾脏负担，结果导致肾功能进一步衰退。
引起痛风的症状豆腐中含有较多嘌呤，嘌呤代谢失常的痛风病人和血尿酸浓度增高的病人不能吃太多豆腐，特别是痛风病人，吃豆腐太多容易导致痛风发作。
导致碘缺乏疾病豆腐是大豆制成，大豆中含有一种叫皂角苷的物质，这种物质容易促进人体内碘的排泄，长期食用豆腐容易引起碘缺乏，缺碘容易导致甲亢发生。
大量吃豆腐引起腹痛腹泻豆腐中含有极为丰富的蛋白质，大量的食用豆腐不但会阻碍人体对铁的吸收，还容易引起蛋白质消化不良，导致腹泻，腹胀等不适症状出现。
导致动脉硬化形成豆腐中含有大量的蛋氨酸，蛋氨酸在酶的作用下转化成半胱氨酸，半管氨酸会损伤动脉管壁内皮细胞，导致胆固醇和甘油三酯沉积于动脉壁上，促使动脉硬化形成。