棚户区改造是中国政府为改造城镇危旧住房、改善困难家庭住房条件而推出的一项民生工程。实施棚户区改造的根本目的是改善群众的居住条件，兼顾完善城市功能、改善城市环境。
1、含义不同
棚户区改造是我国政府为改造城镇危旧住房、改善困难家庭住房条件而推出的一项民生工程。旧城改造是局部或整体地、有步骤地改造和更新老城市的全部物质生活环境，以便根本改善市民劳动、生活服务和休息等条件的项目。
2、运作模式不同
棚户区改造采用“政府主导+国企实施+人才住房”的模式，棚户区改造项目因为是民生工程，补偿较少，只要90%业主同意改造，对于少数不服从改造的，可通过行政征收、行政处罚程序等政府的行政权力介入进行房屋强制拆除。旧城改造遵循“政府引导、市场运作、公众参与”的原则，是商业投资行为，旧城改造项目补偿数额较多，必须100%业主同意才可以进行拆除，政府不可直接行政介入。
3、改造对象不一样
棚户区改造对象是全市范围内使用年限在20年以上、住房质量存在安全隐患、使用功能不齐全、配套设施不完善的老旧住宅区。棚户区改造一般是直接拆除。旧城改造对象是旧住宅区申请拆除重建、符合城市更新的建筑物，建成时间原则上应不少于20年，满足条件的旧商业区、旧工业区建筑物可放宽至15年的建成时间要求。旧城改造一般是对旧城区进行重建、翻新。
4、改造流程不同
棚户区改造流程，一般是参照城市更新或者政府征收程序进行。棚改项目的确定、权利人信息公示、异议处理等内容没有明确规定。但旧城改造是有明确的规定的，包括意愿征集、城市更新单元规划审批、实施方案、搬迁补偿安置协议的签订、实施主体确认、预售及规划验收、回迁安置等。
5、配建要求不同
棚户区改造除满足拆迁安置的需要外，其余住房均会配建为人才住房和保障型住房，且坚持以租为主，根据辖区人才住房和保障性住房的建设供应情况，确定租售比例。但旧城改造则按规定比例配建，无全部配建保障房的要求，可建商品房。