1、产地不同：亚麻籽在我国的产地主要有：甘肃庆阳，会宁、陕西秦岭、河北坝上地区、内蒙古地区、山西、宁夏、青海、新疆、黑龙江和云南。奇亚籽是薄荷类植物芡欧鼠尾草的种子，原产地为墨西哥南部和危地马拉等北美洲地区。
2、形态不同：亚麻籽和芝麻一样，有黑色和白色两种，呈扁平椭圆状，质地较软；奇亚籽比较小，一般为长1.87±0.1mm，宽1.21±0.08m，厚0.88±0.04mm，呈椭圆，表面光滑，颜色从米黄色到深咖啡色，表面带有小黑点，质地坚硬。
3、食用方式不同：亚麻籽主要是用作调味品，比如饼干、蛋糕、面包等配料，榨成食用油味道也不错；奇亚籽主要用于制作饮料、谷物棒、饼干、面条、面包、酸奶等。
4、营养成分不同：亚麻籽的主要成分为脂肪、蛋白质、膳食纤维；奇亚籽除了有脂肪、蛋白质、膳食纤维之外，其中还富含多种抗氧化活性成分。