补缴增值税的处理方法如下：
1、本年度正常的补缴增值税，会计分录：借：应交税费-应交增值税，贷：银行存款等；
2、以前年度查账补交，查补增值税会计分录：
（1）计提：借：以前年度损益调整，贷：应交税费-增值税检查调整；
（2）查补转出：借：应交税费-增值税检查调整，贷：应交税费-未交增值税；
（3）补交增值税：借：应交税费-未交增值税，贷：银行存款；
（4）结转损益调整：借：利润分配--未分配利润，贷：以前年度损益调整。
法律依据：《中华人民共和国增值税暂行条例》第四条
除本条例第十一条规定外，纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产（以下统称应税销售行为），应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。应纳税额计算公式：
应纳税额=当期销项税额－当期进项税额
当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。
第五条
纳税人发生应税销售行为，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：
销项税额=销售额x税率
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