注意：下面三位可以无限打，通关后升级省时间 小智的秘密基地：通关后的115号道路 pm：LV88皮卡丘 LV81乘龙 LV83卡比兽 LV84水箭龟 LV84妙蛙花 LV84喷火龙 度的秘密基地：通关后的120号道路 pm：LV82暴鲤龙 LV86快龙 LV84刺龙王 LV84快龙 LV82化石翼龙 LV84暴蝾螈 希罗娜的秘密基地：通关后的119号道路
pm：LV80罗丝雷朵 LV83路卡利欧 LV82波克基斯 LV86三头恶龙LV83美纳斯 LV82乘龙
N的秘密基地:通关后的123号道路
pm：LV85佐罗亚克 LV85化石翼龙 LV84多刺菊石兽 LV84镰刀盔LV83浮磁怪 LV83冰鬼护
定点捕捉 神兽:
急冻鸟：哈吉左边道路登瀑布 闪电鸟：流星瀑布最深处的更深处 火焰鸟：冠军之路
超梦：和石之洞窟某NPC对话得到破坏因子后的坏天气岩石(注意NPC的对话，选错的话超梦就没了)
梦幻：取下超梦身上的古代海图坐船 水君：山优市瀑布洞 雷公：银叶发电厂 炎帝：火之捷径
洛奇亚：抓完3鸟后的116号道路洞口 凤王：抓完3兽后的116号道路洞口 雪拉比：天元森林冲浪
三神柱
第一步：在126号水道的海底的水草中遇“地图石鱼（花刺）”（比较稀有） 第二步：在海边用中/高级钓竿钓“皮皮鲸”，并练到40级进化成“巨鲸” 第三步：得到TM28“挖洞”并给精灵学 第四步：把上面所说的精灵都带上
好了，准备工作都做完了。那么，GO！
从那个建在水上的镇（就是房子都是用木头搭的镇）往左游，会来到一个有很多急流的地方，一直从最下面游，会来到一个略成方行的海滩（我记得在134号路附近）。然后从中间游过去，会来到一个四面被急流包围的深色水域，潜下去，一直走倒头，调查石板后浮上去，便会到达遗迹。
调查尽头的石板后用挖洞，会出现一个洞，进去后把地图石鱼放在第一个，巨鲸放在最后，调查尽头的石板后会有地震。地震完之后离开这里去捉三神柱
雷吉洛克：在111号道路，在那文字那里，左，左，下，下，然后使用HM06碎石。
雷吉艾斯：在105号道路，在文字那里绕着墙壁循环一周 雷吉斯奇鲁：在120号道路，在山洞中间使用HM05闪光
雷吉艾斯：就是冰柱 雷吉洛克 ：就是岩柱 雷吉斯奇鲁：就是钢柱
拉迪亚斯、拉帝欧斯：1个和原版一样打完四大天王和冠军后，回到家里，电视上说的神秘神奇宝贝，便为拉帝亚斯和拉帝欧斯，此后在方元地区不一定在哪里相遇，用大师球捕捉。,另一个与阿田市水手对话得船票,坐船
固拉多（又名古拉顿）：通关后随机在 陆之洞窟 出现。 盖欧卡（又名海皇牙）：通关后随机在 海之洞窟 出现。
以上两个通关后先去日川市（飞行系道馆所在地）附近的天气研究所里，和2楼的NPC对话会告诉你哪一条道路或水道天气不正常，然后就在天气不正常的道路里找-陆地是以前没有的山洞，在里面会有固拉多，水路是以前没有的潜水区域，在里面会有盖欧卡。
裂空座：天空之柱 顶层。准备好风马自行车，爬天柱全是洞，不猛冲过去是会掉下去的
基拉祈：超能市白色陨石
代欧奇西斯：拿怪力术的洞窟冲浪 帝牙卢卡：通关后看看洞退潮后的冰洞 帕路奇犽：通关后流星瀑布新开洞
席多蓝恩：坐缆车的地方(2)后面（限2.0及其以下版本）
雷吉奇卡斯：三神柱抓完后的吉纳左边潜水挖洞（限2.0及其以下版本） 基拉帝纳：通关后日落山大楼顶层白坟墓
克雷塞西亚：通关后到宾馆2楼得到三日月羽毛,然后在道吉睡觉 玛纳霏：双鹿市潜水（限2.0及其以下版本）
达克莱伊：在鬼屋中得到暗黑之羽后在阿田睡觉(已修正) 洁咪：孵蛋之道洞窟
阿尔修斯：捕捉珍钻的3神后,觉醒寺最底部
莱希拉姆：通关后火山山顶洞口（限3.0及其以上版本） 泽克罗姆：通关后石之洞窟中的洞口（限3.0及其以上版本） 丘雷姆：通关后雪镇右侧道路洞口（限3.0及其以上版本） 其他:
皮卡丘色的皮丘:121号道路 红色暴鲤龙:沙狐乐园某个水池 暗黑洛奇亚:废弃船深处
水晶大岩蛇:战斗边疆艺术之洞2L冰岩 焚翼蛾:通关后沙漠地下岛深处
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